Špindlerův Mlýn leží v srdci Krkonošského národního parku. Ten byl vyhlášen v roce 1963 jako první český národní park s posláním chránit přírodní hodnoty Krkonoš. Správa Krkonošského národního parku má sídlo ve Vrchlabí. Město je ze všech stran chráněno horskými pásmy vnitrozemského Českého hřebene: Kozími hřbety (1390 m. n. m.), Pláněmi (1196 m. n. m.) a Krkonošemi (1411 m. n. m.), který končí vrchem Medvědin (1235 m. n. m.). Úzkou soutěskou mezi horami si razí cestu do vnitrozemí evropský veletok Labe. Pramení na Labské louce, vzdálené zhruba 7 kilometrů od centra města, a jeho nejmohutnějšími přítoky v této oblasti jsou Bílé Labe u Dívčí lávky a Dolský potok ve Špindlerově Mlýně.